Nello stesso periodo fu costruito il convento, affidato ai Canonici Regolari Lateranensi. I Canonici furono sostituiti dai Padri Passionisti (1786) e poi (1816) dai Frati Minori. L’esterno del complesso, tranne il portale d’ingresso, è privo di ornati. Molto suggestivo il chiostro, ora spoglio degli affreschi che lo decoravano. L'interno, più volte rimaneggiato, è a 5 navate. In esso sono conservati i Ceri di Gubbio. Sopra l'altar maggiore, è visibile - entro un’urna neogotica - il corpo incorrotto del patrono eugubino S. Ubaldo (morto nel 1160). Tra i dipinti presenti in chiesa meritano attenzione: il Battesimo di Cristo di Felice Damiani; la Trasfigurazione e Santi, copia parziale da Raffaello di Giovanni M. Baldassini (1585); la Madonna col Bambino tra i Santi Ubaldo e Giovanni Battista di Salvi Savini (1610); la Sant'Orsola dell’Allegrini. Belle le vetrate (1922), con Storie della vita di Sant'Ubaldo.
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