L’aspetto attuale del complesso risale a rifacimenti dei secc. XIV, XV e XVI. L’interno della chiesa fu completamente rinnovato nel sec. XVIII. Tra le pale d’altare, notevoli sono quelle di Bernardino Nocchi (il transito di S. Giuseppe e S. Agostino confuta i Manichei, 1° e 3° altare d.) e di Stefano Tofanelli (il martirio di S. Secondo, 2° altare d.). Sul 2° altare sin. affresco tardo quattrocentesco, attribuito a Orlando Merlini. Molto significativi sono l’altar maggiore (1343) e l’abside, riportata all’antica forma gotica. Nell’ex cimitero, dinnanzi alla chiesa, rimangono alcuni affreschi, tra cui quelli della cappella Panfili (1458): illustrano le Storie di S. Sebastiano e sono firmati dal pittore locale Jacopo Bedi. L’altare della cappella, datato 1134, proviene dalla diruta chiesa di S. Donato di Pulpiano.