Nuove accessioni ai fondi comunali erano state intanto determinate dall’incameramento degli archivi delle Corporazioni religiose soppresse e dalla destinazione delle Carte Armanni all’Archivio del Comune. Il materiale dell’Archivio storico, comprendente la documentazione degli organi comunali e dell’amministrazione periferica del Governo pontificio, del periodo napoleonico e della Restaurazione fino all’unità d’Italia, si presentava al Fumi ordinato, conservato e condizionato secondo i criteri adottati nel riordinamento effettuato nel 1888-1889 da Francesco Arduini, segretario generale del Comune.

La relazione dell’Arduini descrive la penosa situazione in cui versava l’archivio: "le scritture erano dislocate in vari luoghi, gettate alla rinfusa e ricoperte di macerie, erose dalla polvere e dall’umidità tanto da rendere impossibile qualunque ricerca". Sono espressioni amare che sintetizzano in immagini ben definite le drammatiche condizioni di conservazione dell’archivio eugubino, ma che sono riferibili a molti degli archivi del tempo. Protagonisti involontari, ma non indenni, di alterne vicende di trasferimenti, dispersioni e manomissioni, destinatari di interventi di sistemazione a carattere parziale ed episodico, ancora agli inizi del Novecento la quasi generalità degli archivi pubblici era caratterizzata dalla situazione di "sommo abbandono e vergognoso disordine" rilevata con amarezza da Francesco Bonaini per gli archivi ravennati.

L’esperienza di riordinamento compiuta dall’Arduini sulle carte comunali era stata confortata dal parere favorevole di Giuseppe Mazzatinti, esperto conoscitore degli archivi e delle raccolte bibliografiche umbre, che aveva espresso la sua stima di studioso e, come eugubino, la sua compiacenza per i criteri adottati nel disporre il materiale "per ordine di tempo e per uniformità di materia"; il Fumi definiva invece i risultati del riordinamento come parziali e "non imitabili per il metodo adottato". L’intervento di Francesco Arduini non aveva riguardato le carte del Fondo Armanni - ancora conservato presso la Biblioteca Sperelliana - la cui sistemazione venne affidata nel 1904 all’eugubino Pio Cenci, archivista dell’Archivio Segreto Vaticano, che provvide, in particolare, a regestare le circa mille pergamene contenute nell’archivio e solo in parte segnalate dal Mazzatinti nella ricognizione generale delle fonti documentarie eugubine pubblicata in Gli archivi della storia d’Italia.

L’ispezione svolta nel 1900 da Luigi Fumi prese in considerazione anche l’Archivio notarile, per il quale egli sollecitava l’individuazione dei documenti giudiziari dei tribunali civili confluiti nel notarile stesso, l’Archivio della Pretura (del quale segnalava i registri giudiziari del XV secolo), nonché l’Archivio della Congregazione di Carità, con l’annessa documentazione dell’Ospedale grande e delle istituzioni ospedaliere delle antiche Confraternite dei disciplinati. Non sfuggirono all’attenta ricognizione dello studioso gli importanti fondi documentari degli archivi ecclesiastici della città e della diocesi dei quali egli rilevava le generali buone condizioni di conservazione. Tra quelli da lui esaminati occorre segnalare l’Archivio del Capitolo, ricco, tra l’altro, di pergamene che datano dal secolo XI, studiate e regestate nel 1600 dal canonico Francesco Armanni e nel 1833-1834 nuovamente regestate e illustrate da Giuseppe Pecci, vescovo di Gubbio.

Dell’Archivio vescovile il Fumi riferiva che conteneva una preziosa quantità di atti sinodali e di relazioni di visite pastorali e rilevava che la documentazione conservata era tutta posteriore al XVI secolo, essendo andato distrutto il materiale più antico per un incendio verificatosi nel corso del Cinquecento. A conclusione del suo itinerario ispettivo tra le carte eugubine, il Fumi segnalava, e la segnalazione assume il significato di un severo monito, che "grande parte degli archivi di Conventi soppressi e di luoghi pii è passata, da molto tempo, in mani private" insistendo sulla necessità di accentuare la vigilanza sulle collezioni private, così numerose anche nella sua città d’origine e costituitesi spesso a spese degli archivi pubblici.

Occorre rilevare, a tale proposito, che l’intero settore degli archivi privati presenta problemi di conservazione ancora più gravi di quelli degli archivi delle istituzioni pubbliche. Soggetti a vendite capillari o a sconsiderate divisioni per successioni ereditarie, la loro dispersione costituisce un fenomeno che dal XIX secolo ha assunto sempre più ampie dimensioni, nonostante l’accentuarsi della vigilanza dello Stato. Per quanto riguarda gli archivi delle famiglie nobili eugubine è da segnalare la recente acquisizione alla locale sezione di Archivio di Stato dell’Archivio della Porta, operazione resa possibile dalla sensibilità dimostrata dalla famiglia stessa. Ancora insoluto, nonostante le assicurazioni di disponibilità da tempo manifestate dagli eredi, è invece il problema dell’Archivio Ranghiasci, anch’esso di notevole interesse documentario per la storia cittadina.